水产养殖病害的发生和流行，与养殖对象的生活环境、病原体孳生和生物体自身的抵抗力密切相关。开展水产病害防治，同样要在改良养殖环境、消灭病原体和增强养殖对象的自身免疫力等方面采取技术措施。
改善养殖环境　进行生态防治
1.改良水质。通过注入清水来稀释养殖池中的有害代谢物，以改良水质，增强养殖对象的抗病能力；或注入其他水源，以改善生态环境，如注入粪水以促进浮游生物生长。通过清塘，不仅可以除去野杂鱼，清除竞食生物，而且可以杀灭病原体，有效改良水质。　　
2.调节温度。许多病原性寄生虫最适温度为20℃左右，通过调节水温，不仅可以抑制病原体的繁殖，而且可以加速养殖对象的新陈代谢。
3.降低应激反应。如水温的变动幅度过大、底质严重恶化、饲料霉烂变质、突降暴雨、pH值变化、捕捞骚扰、噪音干扰、施药不当等，都能导致养殖对象产生应激反应。而应激反应则会引起养殖对象的能量消耗使机体的抵抗力下降，为细菌和病毒的感染，甚至暴发疾病创造了机会。
4.进行生态防治。生态防治旨在利用生物之间相互制约的机理来控制病原体，保持养殖环境的平衡，使水产养殖得以正常进行。可在养殖池中加入有益生物，如光合细菌，以促使池中有害物质的转化；投入吃食性种类，以捕食养殖对象中的病体、弱体。
控制病原体传播　进行生物防治
1.建立检疫系统。如引进名、特、优、新品种过程中，引种移植也可成为一条病害传播渠道。如病毒感染，一般有段潜伏期，只要能建立起高效快速的检测技术，便可及时发现和进行诊断。　　
2.进行生态环境控制。养殖水域中，不仅存在大量的致病微生物，而且也有大量的非致病微生物。前者是致病因子，后者的存在往往是保持养殖水域生态平衡的必要条件。而大量的药物投入，虽然杀灭了致病微生物，但也会使有益于水域生态平衡的非致病的微生物受到抑制。因此，对付水产养殖病毒最有效的手段之一，就是加强对水环境的监测和管理。　　
3.采用消毒剂控制。用于水产养殖的消毒剂，有氧化剂型和非氧化剂型两大类，前者(如氧化剂、高锰酸钾等)其消杀能力受水温、pH值、氨氮浓度、悬浮物等因素影响较大，尤其对病毒的灭活能力差；后者 (如硫酸铜、甲醛等)消杀效果差，而且毒性的副作用大，也难有效预防和控制传染性疾病，特别是病毒病的发生和流行。
4.进行生物防治。如对养殖对象采取混养和间养等方式，可使一部分致病微生物被混养和间养的养殖对象杀灭或吞噬。
应用微生态学原理　进行病害防治
1.微生态学的基本原理。当水生生物处于健康状态时，在其内外环境中存在一个相对稳定的微生物优势种群。这一微生物群，既能促进有益菌类的生长，又能抑制有害菌类的繁衍，形成抵御致病菌的第一道防线。在常态下，水生动植物、微生物、生态环境，三者构成一种动态平衡，具有相对的稳定性。
2.慎用抗菌素药物。滥用抗菌药，使病原体的耐药性问题越来越严重，施药量越来越大。如在治疗鱼病时，应有针对地使用对致病菌有专一性的抗菌药物，而不应该盲目采用广谱性的、对非致病菌有杀灭能力的抗菌药物，以免伤害鱼体内的相对平衡的微生物菌群。
3.施用微生物制剂。可以在养殖对象的体内或体表建立起有益微生物的优势菌群，以达到抑制有害微生物的繁衍，增强养殖对象的抵抗力和免疫力的效果。如目前在水产养殖中广泛使用的光合细菌(PSB)，不仅可以净化水质，预防疾病，而且可以促进鱼体生长。另一种由肠道厌氧菌等有益微生物制成的制剂，用于鱼类肠道微生态系统的重建和调整，对于保持微生态平衡，促进生长发育，均有显著效果。