螺旋藻在水产养殖中对养殖品种具有促进生长、增加食欲、增强抗病能力、提高幼体成活率、改善品质体色等功效，而且其繁殖快、易培养。螺旋藻藻体微小，可直接作为动物的开口和幼苗饵料。添加制成的颗粒饲料投入水中不易下沉、不凝集、不败坏水质，养殖效果好。特别是在海珍品养殖日益受到病害困扰和饲料对水质严重污染的情况下，螺旋藻的特殊功效越来越受重视。
一、蟹的育苗和培育
螺旋藻的干粉或单纯投喂螺旋藻鲜藻体的幼体成活率分别为53％和50％，比投喂卤虫加蛋黄的幼体成活率提高很多。随着幼体的增大及捕食能力的增强，动物活性饵料尤为重要。在蚤状幼体阶段，幼体采用吞食方式，因而可将螺旋藻直接投入水中。到了幼蟹培育阶段，幼蟹是采用抱食方式，可把鲜藻与淀粉掺和拌成颗粒状饲料。鲜藻作为饲料投入海水中，不但本身不会死亡，并且还会生长，这不仅不会像干燥粉那样腐烂而污染水质，还能因螺旋藻的生长而利用水中的氨态氮，从而起到净化水质的作用。
二、扇贝的培育
在扇贝养殖过程中，春季将亲贝移入室内，加温促进性腺成熟进行采苗，需建同等体积的微藻培养池。但春季气温低，藻类供不应求，淀粉代替效果很差。中国科学院海洋研究所研制了以螺旋藻为原料的亲贝饲料，可以完全代替鲜活微藻，产卵量与孵化率都很高。采用螺旋藻配合饲料可以减少基建投资，减轻劳动强度，节省饲料费用，更重要的是减少风险，提前育苗，增加收入。
三、鲍的育苗
中国科学院海洋研究所1985年开始研制螺旋藻配合饲料，包括育苗、工厂化养鲍和海上笼养饲料。同日本饲料相比，我国研制的螺旋藻鲍配合饲料耐水性好，稚鲍死亡率低，长成鲍的壳较厚，不易损伤，并带有特色的墨绿色壳色，接近野生鲍，很受消费者欢迎。日本饲料喂养的鲍是翠蓝色，与野生鲍明显不同。另外，我国生产的饲料只是日本饲料成本的一半。若用螺旋藻饲料喂北方鲍，越冬成活率有很大提高，有很大的经济价值。
四、鳗鲡饲养
用螺旋藻饲养鳗鲡，生长整齐、状态良好，体型、体色、体表都发生显著变化，常用量为1%～3%。鳗鱼营养价值很高，人工养殖过程中，个体生长差异很大，许多达不到采捕标准，成为僵鳗，影响经济效益。螺旋藻含有保生长作用的未知生长因子，用它作饵料添加剂，体重会有明显增加，饲养效益非常可观。
五、改善观赏鱼的体色
螺旋藻可使鱼体加快生长，增强活力，提高鱼的艳丽程度。活藻喂养锦鲤，其体色会更加艳丽。螺旋藻中含类胡萝卜素组成的色素系统，有利于代谢转化和鱼体颜色的改善。活藻还可净化水体，但当水体中螺旋藻增多时，影响赏鱼，因而可把藻加到饵料中。据报道，鲤鱼皮肤中的色素基本上是由类胡萝卜素组成，而类胡萝卜素多为高度不饱合结构，易于氧化，造成黑色素沉积，失去天然颜色。而螺旋藻中所含类胡萝卜素很高，而且还有鱼体本身所需的代谢酶，不仅有改善体色的作用，还起到提高饲料利用率、改善肉质的作用。
六、用于海水真鲷、灰斑鱼等海珍品饲养
海水网箱养殖真鲷、灰斑鱼等珍品，病害常常难以控制。螺旋藻含有提高动物免疫力和去病能力的免疫物及抗热应激作用因子，添加螺旋藻作饵，可减少死亡，同时也有改善体色的效果，使海珍品更具商品价值。
总之，螺旋藻在水产养殖方面有很大作用。若螺旋藻配合饲料进一步改进，向微胶囊化、助消化、促脱壳方向发展，其效果更明显。但国内螺旋藻在饵料方面的研究还处在初级阶段，有待进一步研究和开发。