近年来，微山县狠抓渔业标准化生产，水产质量安全水平显著提高。一是按照标准化生产的要求，协助养殖生产单位制定生产标准和管理制度；二是广泛开展无公害水产品生产技术和标准化生产技术培训；三是经常深入生产单位帮助和指导开展标准化生产，督促生产单位严格执行生产标准和各项管理制度；四是严格投入品市场督导检查，指导渔民科学用药、用饲料，抵制禁用药品的投入；五是做好渔业养殖环境与病害监测及鱼病防治工作。
截至目前，微山全县已有农业部健康养殖示范场4家，省级健康养殖示范场3家，省级乌鳢原种场1家；有机水产品生产基地3处，有机转换水产品10个；通过认定的无公害水产品基地20个，无公害水产品62个。